Prihlásenie

BOHINIKOVÁ, Alžbeta: Modelovanie buniek s jadrom pre simulacné modely mikrofluidických zariadení. [Dizertacná práca] Žilinská Univerzita v Žiline. Fakulta riadenia a informatiky. Katedra softvérových technológií. - Vedúci diplomovej práce: doc. RNDr. Katarína Bachratá, PhD.- Školitel špecialista: Mgr. Iveta Jancigová, PhD.- Žilina, FRI ZU, 2020, 166 s. Dizertacná práca sa zaoberá rozšírením simulacného nástroja vyvíjaného výskumnou skupinou Cell in Fluid o model bunky s jadrom. Hlavným zameraním práce bolo preto popísat a otestovat rôzne prístupy modelovania buniek s jadrom. Pozornost sme venovali vzájomnej interakcii medzi bunkovou membránou a jadrom. Modelovali sme ju pomocou vytvorenia fyzických väzieb medzi bodmi membrány a jadra alebo pomocou odpudivých síl medzi skupinami týchto bodov. Navrhnutý simulacný experiment je parametrizovaný a tak ho je možné použit pre kalibráciu špecifických typov buniek v rôznych škálach geometrií a velkostí buniek. Dôraz bol kladený aj na prepojenie biologických a simulacných experimentov. Pri vytváraní simulácií popisujeme možné výzvy biologických dát a akým spôsobom s nimi pracovat. Klúcové slová: Model bunky s jadrom, výpoctový model, mikrofluidické zariadenia, interakcia membrány bunky s jadrom.

BOHINIKOVÁ, Alžbeta: Modelling of cells with nucleus for simulation models of microfluidic devices. [Dissertation thesis] - University of Žilina. Faculty of Management Science and Informatics. Department of Software Technology. - Supervisor: doc. RNDr. Katarína Bachratá, PhD.- Supervisor specialist: Mgr. Iveta Jancigová, PhD.- Žilina, FRI ZU, 2020, 166 p. This dissertation thesis contains an extension of the simulation tool developed by the research group Cell in Fluid. The main focus of the work was therefore to describe and test different approaches to modeling cells with nucleus. We examined the interaction between the cell membrane and the nucleus. We modeled this interaction by creating physical bonds between the points of the membrane and the nucleus or by repulsive forces between groups of these points. The proposed simulation experiment is parameterized, so it can be used to calibrate specific cell types in different scales of channel geometries and cell sizes. Emphasis was also placed on linking biological and simulation experiments. When creating simulations, we describe the possible challenges of biological data and how to work with them. Key words: Cell model with nucleus, computational model, microfluidic devices, interaction of cell membrane with nucleus.